Hija y discípula del astrónomo Teón, Hipatia es la primera mujer matemática de la que se tiene conocimiento razonablemente seguro y detallado. Escribió sobre geometría, álgebra y astronomía, mejoró el diseño de los primitivos astrolabios —instrumentos para determinar las posiciones de las estrellas sobre la bóveda celeste— e inventó un densímetro.En la escuela de Atenas se convirtió en maestra y se hizo muy popular como matemática. Escribió varios documentos, entre ellos: Sobre el Conon Astronómico de Diafanto donde se habla de ecuaciones de primero y segundo grado. Inventó un aparato para agua destilada, uno para medir el nivel del agua y uno para determinar la gravedad específica de los líquidos. A esto se le llamó mas tarde un aerómetro o hidroscopio.
Hipatia murió a una edad avanzada, 45 o 60 años (dependiendo de cuál sea su fecha correcta de nacimiento, de la cual aún se tienen dudas), linchada por una turba de cristianos. La motivación de los asesinos y su vinculación o no con la autoridad eclesiástica ha sido objeto de muchos debates.
El asesinato se produjo en el marco de la hostilidad cristiana contra el declinante paganismo y las luchas políticas entre las distintas facciones de la Iglesia, el patriarcado alejandrino y el poder imperial, representado en Egipto por el prefecto Orestes, ex alumno de la filósofa.
Sócrates Escolástico, el historiador más cercano a los hechos, afirma que la muerte de Hipatia fue causa de «no poco oprobio» para el patriarca Cirilo y la iglesia de Alejandría, y fuentes posteriores, tanto paganas como cristianas, le achacan directamente el crimen, por lo que muchos historiadores consideran probada o muy probable la implicación de Cirilo, si bien el debate al respecto sigue abierto.
Su carácter singular de mujer entregada al pensamiento y la enseñanza en plena tardoantigüedad, su fidelidad al paganismo en el momento de auge del catolicismo teodosiano como nueva religión del Estado romano, y su muerte a manos de cristianos le han conferido gran fama.
La figura de Hipatia se ha convertido en un verdadero mito: desde la época de la Ilustración se la presenta como a una «mártir de la ciencia» y símbolo del fin del pensamiento clásico ante el avance del Cristianismo.
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